Née en Tunisie, Khadija El Afrit, est initiée à la musique par son père « Maître de musique ». Très tôt, elle apprend le chant, le piano, le oud et le kanoun, instrument caractéristique du bassin méditerranéen. Après un cursus complet au conservatoire, elle obtient en 1993 un diplôme de musique traditionnelle arabe et un diplôme de Kanoun. La même année, elle est engagée par le conservatoire de Sousse pour dispenser des cours de chant, de Kanoun, de solfège et de modes arabes. Sa carrière de concertiste et d’enseignante démarre. Elle est invitée à se produire en tant que soliste au sein d’orchestres traditionnels et d’orchestres occidentaux, participe à des créations contemporaines, à des projets variés dans différentes formations de musique du monde ou de musique classique. Parallèlement, elle poursuivit ses études à l’Institut Supérieur de Musique de Tunis et obtient en 2001 un prix présidentiel première nommée et une bourse lui permettant d’étudier à l’Université de la Sorbonne Paris IV.

Passionnée par la musicologie et par l’évolution de la culture orientale, elle mène un travail de recherches sur l’analyse des langages musicaux des modes arabes et tunisiens. En 2011, elle obtient un doctorat en Musicologie « mention très honorable ». En 2006, elle est nommée à la faculté de Tunis et enseigne depuis lors l’analyse musicale, le chant et les modes arabes. Elle donne régulièrement des conférences et publie des articles musicologiques.
Depuis ses débuts sur scène, elle ne quittera jamais ce lieu de création artistique, de rencontres et de partage, essentiel à son épanouissement et à sa carrière de musicienne.